Makoto Kowata é uma bruxa profissional que, ao completar 15 anos (maioridade no mundo das bruxas), deve partir para longe da proteção da família para viver suas próprias experiências. Sem ir muito longe, Makoto vai passar um tempo na casa dos primos Kei e Chinatsu Kuramoto numa bucólica cidadezinha do interior e se apaixona pelo local. Lá ela começa a fazer amigos e a se perder menos, já que o seu senso de direção é quase inexistente (o que provoca cenas realmente hilárias). 

Esse é um resumo do que Flying Witch pode proporcionar para o leitor. Nada de grandes batalhas entre bruxas e humanos ou outros seres mágicos, nada de fazer poções para o mal e muito menos esconder a sua verdadeira identidade. Aqui Makoto não precisa esconder quem é e todos lidam muito bem com o fato de ela ser uma bruxa, tornando a magia e suas habilidades algo natural e parte do cotidiano de todos do vilarejo, o que faz com que eventos mágicos passem totalmente despercebidos por não serem vistos como algo extraordinário. 

Então qual é a parte legal de ser bruxa e não ser vista de forma diferente pelos outros? Exatamente essa! Makoto é uma adolescente normal, com o único diferencial que é ser bruxa, que poderia ser o fato de tocar piano muito bem ou ser uma atleta de natação, e nada disso mudaria o fato de ser uma adolescente normal. Uma história para mostrar que o diferente não é estranho e, se você olhar várias vezes, passa a fazer parte do seu dia.